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普段のRNA-seq等の遺伝子発現解析をだだのDEG解析から一歩進んだ解析としてWGCNA解析を紹介したいと思います。コードは載せず、WGCNAの流れが分かるような内容にします。コードありバージョンはいつか何らかの形で出します。WGCNAっ...

WGCNA解析の続きです。前回は、モジュールを作りその後着目するモジュールの選定まで実施しました。今回は前回の結果から着目するモジュール Module 3について深堀りしていきたいと思います。GSVA scoreとの関係まずは、GSVA（G...

自分でRNA-seqの解析をする方法をゼロから書いていきたいと思います。●「RNA-seq解析は、専門知識がないとできない」●「RNA-seqの解析は数万/sampleの外注で行う」と考えている方は結構多いのかと思います。企業などで研究費が...

この記事は、誰でもできる！！初心者向けRNA-seq解析シリーズの３つ目の記事になります。今回はPCの環境構築をしていきたいと思います。その前にこれからRNA-seqを行うにあたって、 マッピングやカウントを行うプログラムをmacに入れる必...

超初心者向け!! RNA-seq解析シリーズの記事になります。今回は、解析に使うデータを公共データベースからダウンロードしていきたいと思います。NGS公共データベースでは、早速公共データベースよりRNA-seqデータをダウンロードしていきま...

誰でもできるRNA-seq解析シリーズ！今回はRNA-seq解析のメインとも言えるマッピングを行なっていきます！HISAT2のインストールまずはHISAT2をインストールします。すでにhomebrewをインストールしましたので、簡単です。b...

誰でもできるRNA-seq解析シリーズ！今回はHISAT2によるマッピング結果をアセンブルし、発現差を比較するようにします。StringTieというソフトを使用します。sam→bamへの変換まず、アノテーションを実施する前に、HISAT2で...

RNA-seq解析シリーズです。前回までに、Hisat2によるマッピング、StringTieによるカウントが終了しましたので、今回はBallgownによって発現差解析データを作成していきます。これまでは、MacOSのターミナルやLinuxの...

おすすめはしません。MacやLinuxユーザーは前の記事を参考にしてください。Windowsユーザーやマシンパワーが弱く自前でRNA-seqができない人用です。ちなみにWindows10ユーザーは頑張れば自前でできます。対象となる方Mac・...

Google ColaboratoryだけでRNA-seq解析を終わらせるシリーズです。前回までにcolaboratoryの設定とファイルの準備を行いました。今回は、RNA-seqのキモともなるマッピングをgoogle colaborato...

今回の記事内容、果たして意味があるのか不要ですが、あえてgoogle colaboratoryを使用して、Rでballgownを実行してみます。下準備Google colaboratoryでRを使えるようにするまずは、google cola...

ベクターとインサートのライゲーションを行う際の、モル比計算に便利な計算機を作成しました。目的のモル比、ベクターとインサートそれぞれの長さと濃度、ファイナルのvolumeとインサート量(fmol or ng)を入力することで、ベクター溶液とイ...

PCRを実施する際のアニーリング温度の参考に、プライマーのTm値の計算機を作りました。鋭意改良していきますので、こうしてほしいとかがあればコメントください。プライマーTm値計算機 Sequence 5'- -3' Complement 5'...

化学式を入れたらすぐ分子量が表示されるツールを作成しました。ご自由にご活用ください。↓↓もしお役に立てたようでしたら寄付をお願いします！！↓↓