研究ツール 分子量計算webツール
化学式を入れたらすぐ分子量が表示されるツールを作成しました。ご自由にご活用ください。↓↓もしお役に立てたようでしたら寄付をお願いします！！↓↓
こんがり
研究ツール 
WGCNA WGCNA解析 part 2
WGCNA解析の続きです。前回は、モジュールを作りその後着目するモジュールの選定まで実施しました。今回は前回の結果から着目するモジュール Module 3について深堀りしていきたいと思います。GSVA scoreとの関係まずは、GSVA（G...
WGCNA WGCNA解析 part 1
普段のRNA-seq等の遺伝子発現解析をだだのDEG解析から一歩進んだ解析としてWGCNA解析を紹介したいと思います。コードは載せず、WGCNAの流れが分かるような内容にします。コードありバージョンはいつか何らかの形で出します。WGCNAっ...
研究効率化 Pythonでtar.gzファイルを解凍
次世代シークエンサーの登場により、最近は数十Gから数百Gといった巨大なデータを扱うことが多くなってきました。それに伴い、最近はLinux等で見られるtarファイルやtar.gzファイルを解凍する機会も多いです。そこで、今回はPythonでこ...
RNA-seq MacやLinuxを使わずにでRNA-seq解析を行う ③〜Google ColaboratoryでBallgownを実行〜
今回の記事内容、果たして意味があるのか不要ですが、あえてgoogle colaboratoryを使用して、Rでballgownを実行してみます。下準備Google colaboratoryでRを使えるようにするまずは、google cola...
RNA-seq MacやLinuxを使わずにでRNA-seq解析を行う ②〜Google ColaboratoryでHISAT2やStringTieを実行〜
Google ColaboratoryだけでRNA-seq解析を終わらせるシリーズです。前回までにcolaboratoryの設定とファイルの準備を行いました。今回は、RNA-seqのキモともなるマッピングをgoogle colaborato...
RNA-seq MacやLinuxを使わずにRNA-seqの解析を行う①~Google ColaboratoryでRNA-seq解析~準備編
おすすめはしません。MacやLinuxユーザーは前の記事を参考にしてください。Windowsユーザーやマシンパワーが弱く自前でRNA-seqができない人用です。ちなみにWindows10ユーザーは頑張れば自前でできます。対象となる方Mac・...
RNA-seq 超初心者向け！！RNA-seq解析シリーズ⑥ Ballgownで発現差解析
RNA-seq解析シリーズです。前回までに、Hisat2によるマッピング、StringTieによるカウントが終了しましたので、今回はBallgownによって発現差解析データを作成していきます。これまでは、MacOSのターミナルやLinuxの...
RNA-seq 超初心者向け！！RNA-seq解析シリーズ⑤StringTieの使い方
誰でもできるRNA-seq解析シリーズ！今回はHISAT2によるマッピング結果をアセンブルし、発現差を比較するようにします。StringTieというソフトを使用します。sam→bamへの変換まず、アノテーションを実施する前に、HISAT2で...
RNA-seq 超初心者向け！！RNA-seq解析シリーズ④HISAT2でマッピングする
誰でもできるRNA-seq解析シリーズ！今回はRNA-seq解析のメインとも言えるマッピングを行なっていきます！HISAT2のインストールまずはHISAT2をインストールします。すでにhomebrewをインストールしましたので、簡単です。b...