研究効率化 Pythonでtar.gzファイルを解凍
次世代シークエンサーの登場により、最近は数十Gから数百Gといった巨大なデータを扱うことが多くなってきました。それに伴い、最近はLinux等で見られるtarファイルやtar.gzファイルを解凍する機会も多いです。そこで、今回はPythonでこ...
研究効率化
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ライゲーション ベクター：インサートのモル比計算機
ベクターとインサートのライゲーションを行う際の、モル比計算に便利な計算機を作成しました。目的のモル比、ベクターとインサートそれぞれの長さと濃度、ファイナルのvolumeとインサート量(fmol or ng)を入力することで、ベクター溶液とイ...
プライマーTm値 プライマーのTm値計算機
PCRを実施する際のアニーリング温度の参考に、プライマーのTm値の計算機を作りました。鋭意改良していきますので、こうしてほしいとかがあればコメントください。プライマーTm値計算機 Sequence 5'- -3' Complement 5'...
研究効率化 Pythonで論文情報をまとめてゲットする⑥～EFetchを使ってアブストラクトを抽出～
論文情報をまとめて取るシリーズの最新版です。今回はEFetchを用いて、アブストラクトを取ってこようと思います。これまでの記事の内容が理解できていることを前提としたいと思います。これまでの記事はこちら● Pythonで論文情報をまとめてゲッ...
Python基礎 PCRプライマーのTm値の計算機を作ってみよう③~pythonで実装編~
前回の記事を見ていただければ、Tm値の計算方法は分かったかとおもいます。今回は、実際にPythonで実装していきたいと思います。そんなに高度なことはありません。計算方法を知りたいのではなく、手っ取り早く今、Tm値を計算したいんだよ！！という...
Python基礎 PCRプライマーのTm値の計算機を作ってみよう②~Tm値の計算法~
それではいよいよTm値を計算していきましょう。計算方法を知りたいのではなく、手っ取り早く今、Tm値を計算したいんだよ！！という方はこちら↓↓これまでの記事はこちら↓↓● PCRプライマーのTm値の計算機を作ってみよう -0-● PCRプライ...
Python基礎 PCRプライマーのTm値の計算機を作ってみよう①~相補鎖配列とGC含量の計算~
PythonでPCRプライマーのTm値計算機を作るシリーズです。第1回の今回は、相補鎖配列の表示とGC含量の計算を行いたいと思います。シリーズの中では比較的簡単ですが、Tm値計算機には必須の機能だと思います。Pythonの基本的な機能、文字...
Python基礎 PCRプライマーのTm値の計算機を作ってみよう -0-
PythonでプライマーのTm値計算機を作りながら、Pythonの基本を学ぶシリーズの準備編です。
研究効率化 Pythonで論文情報をまとめてゲットする⑤ ~ Openpyxlを使ってExcelファイルとして保存する ~
今回はこれまでにゲットした情報をExcelに保存したいと思います。前回の記事でSummariesというオブジェクトを作成し、そこに論文情報(PMID, Title, Author, Journal, Pubdate)を格納しました。Summ...